《Spy x Family劇場版》不如昔日一些大熱的動漫般，完全抽離本身故事的主線，強行寫成一個新的故事以供市場所求。它依舊以特務黃昏、殺手約兒及女兒安妮亞的互動為主軸，加強了三人的情感及合作來續寫之前的故事，但在電影開首簡單數句交代所有人物關係及他們的特性，好讓未曾看過漫畫及電視動畫的觀眾也明白整幅大圖畫。

是次的故事由一個新的特務任務要求開始。黃昏被上司指派放下《臬》的任務而投身另一個任務，但黃昏不想放棄跟約兒及安妮亞的關係便拼命爭取，適逢安妮亞學校舉辦甜品大賽，勝出者可獲星章，黃昏想到可借此協助安妮亞嬴取星章以讓上司看到任務有良好的進展，便帶著安妮亞及約兒前往別的市鎮尋找材料製作甜品。可是，在過程途中，安妮亞吃下放有微型攝錄機的朱古力，引發了軍方的關注及追捕，由於事情關係到國家安全，黃昏上司派出助手支援，並協助黃昏尋找被軍方虜去的安妮亞。

無可否認，《Spy x Family》的人物設置是在暗諷人際間的偽裝和謊言。黃昏為特務，他當然不可以丁點透露自己的身分；約兒為殺手，但只在晚上行動，而且為著要保持跟黃昏的關係，只能偽裝為公務員；安妮亞看似只是普通小孩，但她卻能讀心，她恐怕被黃昏及約兒知道後被他們拋棄，故將之隱瞞；即或稍後加入家庭的小狗彭德也有預知能力，但一樣不欲向任何人透露。整個家庭也是由「你瞞我瞞」的狀態下組成及維持的。

如上所言，黃昏的家庭由「隱瞞」及「偽裝」等構成。而且，黃昏為特務，理應不需考量任何感情上的問題，只要完成任務便好了。然而，在電影開首，導演刻意撒下種子，表達出黃昏不欲離開家庭而想辦法延伸《臬》的任務。這就說明，真緻的感情為是次的重心，即使充滿偽裝及「假」，但有愛在其中時，那份情就是真，那份影響也是真。

導演多番刻意加插「追逐」及「合作」的元素，驟眼看沒甚麼特別，但卻成為了「工具」，以加強那份愛的可貴及可發揮的效果。由安妮亞被發現偷吃了微型鏡頭，她被軍方兩官長追捕，約兒趕到並擊退他們開始，到黃昏入侵軍艦後，被眾多軍長追捕，更被拋下毒氣彈，但安妮亞在被囚禁時，因用讀心聽到黃昏在尋找自己而拼命爭扎下，誤撞一些按鈕，導致毒氣得以被驅散；還有約兒被Type-F追殺，但途中發現手上有由黃昏所送的唇膏，想到可以借此來幹掉Type-F，這都仿彿在說明，單獨一人在世，總會遇上主動「追著」自己的危機與難關，獨自面對或會感到困難及孤掌難鳴，但在真緻的愛下，總是有人會支援到自己。

不過，更為可貴的是，即使他們各自有自己的秘密，隱含著差異與不同的意思。但當人以愛為先，並同心一意地面對時，愛可以貫穿他們各人，並除去任何的差異與不同，成就不同的美事。在黃昏開動已破爛的軍艦時，他扭動呔盤，但呔盤已破爛。此時，約兒跟安妮亞也一起幫忙，結果將之轉移方向，使軍艦避免撞向人煙綢密的地方，而是在湖中降落。這個畫面，即使三人並非用上自己的超能力來解決事情，但同心合力地為著彼此及人民而作，把彼此的差異減到最少，拯救了人們，這的確很美麗。

原來，愛可以將或會傷害人的「秘密」拿去，亦可將人與人的差異減少。這跟在教會中人與人之間的相處很相似。每一個人總有不少不可告人但又或會使人受傷的秘密，性格亦不一定容易被人所接受，更會因自我對他者有不少想法，但若果珍惜同行的彼此，盡最大能力愛他們，彼此建立及聯於元首基督，這就能安妮亞一家般，更是在世建立基督身體最好的向度呢!